SABiosciences第二代功能分类基因芯片

点击次数：153 发布时间：2020/12/30 10:46:52

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公司名称：上海非利加实业有限公司型号：生产地址：中国大陆已获点击：153 简单介绍： SABiosciences第二代功能分类基因芯片
SABiosciences公司新近推出了第二代功能分类基因芯片。该芯片基于SABiosciences公司开发的200多种 Oligo基因芯片（第|ONE代功能分类基因芯片），结合了实时定量PCR和第|ONE代功能分类基因芯片的优点，可在次实验中准确定量检测上百个基因的mRNA水平。

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SABiosciences第二代功能分类基因芯片

产品介绍

SABiosciences公司新近推出了第二代功能分类基因芯片。该芯片基于SABiosciences公司开发的200多种 Oligo基因芯片（第|ONE代功能分类基因芯片），结合了实时定量PCR和第|ONE代功能分类基因芯片的优点，可在次实验中准确定量检测上百个基因的mRNA水平。

SABiosciences公司在第二代功能分类基因芯片的研发过程中，攻克了从反应体系优化到基因准确定量等多方面的技术难点。该芯片不仅克服了实时定量PCR检测基因表达工作量大、耗时久的缺点，而且将基因芯片的检测精度提高到了与实时定量PCR相当的水平。

1、引物设计严谨

SYBR Green可与所有的双链DNA反应（包括引物二聚体），为了使扩增反应集中于目的基因，避免非特异性扩增，引物设计成为关键因素。为得到单特异的扩增产物，避免扩增出序列相似的非特异性产物，采用BLAST或者其他比对方法，检测引物在相应物种（如人，小鼠或大鼠）全基因组中的特异性。为了保证在相同的PCR条件下（特别是统的退火温度），不同基因均能扩增出相应的特异性产物，对引物的CG值，解链温度（Tm），以及其他化学和物理的特性都进行了优化调整。为了获得高扩增效率，对扩增片段的长度也进行了优化，般为100到200bp，确保在统的循环反应的时间范围内，不同基因均能扩增出完整片段。

2、反应体系优化

为避免非特异性扩增，使用化学修饰的热启动Taq酶，只有经过热激步骤，Taq酶才能发挥扩增活性。同时，反应体系经过优化，可大限度减少引物二聚体形成，并且保证较难扩增的片段都得到高的扩增效率。

3、定量结果可靠

在标准的96孔PCR反应仪中进行实时定量PCR实验，为了获得高通量，无法为每个样品单独制备标准曲线。在完全相同的PCR反应条件下，希望表达量不同的多个基因均获得可靠的结果，需要确保每个基因都有较高的扩增效率，从而可采用简单的△△Ct方法计算基因表达量。

SABiosciences第二代功能分类基因芯片

第二代功能分类基因芯片与第|ONE代功能分类基因芯片共同之处在于，对基因按照信号通路或者功能进行有目的的分类和筛选，避免了高通量基因芯片因数据过多而难以分析的缺点，数据分析直接高-效。而相较第|ONE代功能分类基因芯片，第二代功能分类基因芯片还具有以下的优越性：使用芯片即可达到实时定量PCR的精度，实验结果无须再进行实时定量PCR验证。

灵敏度高扩增效率好——总RNA量低可至0.5ng，扩增效率达到100-%

模板为人总RNA（GA-004）的10倍梯度稀释样品，采用人炎症细胞因子和受体芯片（APH-011A），分别检测看家基因和炎症特异性基因的表达。以Ct值为纵坐标和RNA样品量为横坐标作图。样品量少为0.5ng，线性范围达到105（0.5ng到5ug）。斜率均值为-3.26±0.41，说明扩增效率达到约100-%

线性范围广——线性范围达到105

正常乳腺组织和乳腺癌的总RNA（BioChain Institute，Inc.，5.0ug）反转录为cDNA作为模板。采用人癌症信号通路发现者芯片（APH-033A），实验重复三次。不同样品线性范围均可达到105；在不同的样品稀释度下，同看家基因的相对表达量均相同。

重复性好误差范围小——在低Ct值下，重复性好

为检测芯片重复性，对两种不同样品分别进行3次重复，共6次实验。A显示89个基因（包括84个通路特异性基因和5个看家基因）Ct值的均值，并且每个点上均标明相应的标准差。可见Ct值低时，重复性好（误差范围小），Ct值高，重复性较差（误差范围较大），与实时定量PCR的预期结果致。B说明，Ct值标准差均值约为0.25个循环。因此，对于大多数基因（Ct值小于30），超过2倍的表达差异（显著性差异）可以准确测出。C通过Ct值的CV值检测重复性。同样，CV值低表明重复性好。

特异性高——产物特异性高，可区分同样品中的同源基因

为检测第二代功能基因芯片的特异性，单独测定每个基因的熔解曲线，随后进行凝胶电泳检测。结果表明，熔解曲线和凝胶电泳结果致，熔解曲线均只出现个峰，电泳图中只有单条带，条带大小与预期结果致。因此，芯片检测结果特异性高，可以区别RNA样品中同基因家族的同源基因。

综上所述，第二代功能分类基因芯片，由于其灵敏度高，样品的使用量低，每张芯片使用的总RNA少可为0.5ng；可观察到的动态线性范围超过105，可以同时检测表达量差异较大的基因；Ct值的平均差异只有0.25个循环，可检测超过两倍的基因表达量变化。因此，第二代功能分类基因芯片是研究特定信号通路或者组功能相关基因表达量的理想方法。

更新时间：2024/4/19 11:52:31

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